Godine 1861., na zahtjev muslimana, nakon rasprave sa predstavnicima Osmanskog carstva, odlučeno je o slanju učenjaka u regiju. Dževdet paša preporučio je Ebu Bekira za ovaj zadatak

U 19. stoljeću, kada su kolonijalne sile bile u žestokoj borbi za prevlast, milioni muslimana sa otoka Jave dovedeni su kao robovi od strane Nizozemaca i izolirani u Južnoj Africi. Ovi ljudi, prvi muslimani na Rtu dobre nade, naselili su se u regiji, ali su bili prisiljeni živjeti 143 godine bez svog jezika, vjere i tradicije.

Kao posljedica toga, s vremenom su se pojavile različite skupine, što je dovelo do sukoba. Nedostatak obrazovanih vjerskih autoriteta i porast praznovjerja samo su dodatno poticali nesuglasice. U vrijeme britanske vlasti, muslimani su imali slobodu vjerovanja, ali su i dalje bili pod kolonijalnom upravom.

Godine 1861., na zahtjev muslimana, nakon rasprave sa predstavnicima Osmanskog carstva, odlučeno je o slanju učenjaka u regiju. Dževdet paša preporučio je Ebu Bekira za ovaj zadatak.

Sultan Abdulaziz odobrio je njegov odlazak 26. maja 1862. Uz putne troškove dodijeljena mu je putna naknada od 7500 kuruša, asistent i mjesečna plaća od 25 lira. Prema porodičnim arhivima, Ebu Bekir i njegov asistent Ömer Lütfi napustili su Istanbul trećeg oktobra 1862. godine, putujući preko Pariza i Londona do Cape Towna, gdje su stigli u januaru 1863. nakon dugog putovanja.

Njihov dolazak u Cape Town izazvao je veliko zanimanje i zabilježen je u lokalnim novinama. Bekir je odmah započeo istraživanja u regiji uz pomoć prevoditelja, utvrdivši da su vjerska osjećanja ljudi bila iskorištavana kroz izmišljotine i neznanje. Kako bi se suprotstavio ovom stanju, prvo je djelovao na polju obrazovanja. Otvorio je školu u središtu Cape Towna, gdje je podučavao Kur’an muške učenike, dok je večeri posvećivao obrazovanju odraslih.

S vremenom su hafizi obučeni u ovoj školi počeli podučavati na drugim mjestima. U regiji je osnovana i škola za žene. Bekirovo djelovanje nije bilo ograničeno samo na obrazovanje djece. Naučio je engleski i lokalni nizozemski jezik pomiješan s malajskim kako bi lakše komunicirao s ljudima. Držao je vazove, putovao u okolne provincije kako bi pomagao muslimanima i pisao komentare na nizozemskom jeziku za tekstove napisane na arapskom. Njegova najznačajnija djela su Beyânü'd-dîn i Merâsıdü'd-dîn.

Knjiga Beyânü'd-dîn, najstarije i najopsežnije vjersko djelo napisano na lokalnom jeziku, privukla je pažnju orijentalista i prevedena je na engleski jezik pod naslovom “The Religious Duties of Islam as Taught and Explained by Abu Bakr Effendi”. Bekirova druga supruga, Tahora Saban Cook, koju je oženio tokom misije u Cape Townu, bila je nećaka poznatog istraživača Jamesa Cooka. Tahora je kasnije postala direktorica škole za djevojčice koju je Bekir osnovao, a njena sestra, koja je primila islam, pomagala joj je u radu škole i naučnim istraživanjima.

Bekir je odgojio šestero djece iz braka s Tahorom, pruživši im izvrsno obrazovanje. Njegov najstariji sin, Ahmed Ataullah Effendi, postao je utjecajan učenjak i direktor prve osmanske škole u Kimberleyju, koju je 1884. osnovao sultan Abdulhamid II.

Ataullah, tečan u arapskom, turskom i urdu jeziku, bio je 1901. postavljen je za prvog osmanskog ambasadora u Singapuru. Nažalost, izgubio je život u sumnjivoj prometnoj nesreći 1903. godine. Drugi sinovi, Heşam Nimetullah i Ömer Celaleddin, takođe su postali značajne figure za južnoafričke muslimane.

Bekir je pisao pisma i izvještaje osmanskom ministarstvu vanjskih poslova, u kojima je obrađivao vjerska, politička i kulturna pitanja Cape Towna. Između 1863. i 1880. objavljivao je članke o historiji, klimi, geografiji i kulturi Južne Afrike u novinama.

Unatoč sve većem utjecaju, suočavao se s otporom imama koji su tvrdili da su pripadnici drugih mezheba nevjernici. Ipak, značajno je doprinio ujedinjenju muslimana prihvaćanjem četiri glavna mezheba i rješavanjem sukoba u regiji.

Preminuo je u junu 1880. u dobi od 45 godina i ukopan je na groblju Tana Baru, najstarijem groblju u Cape Townu, gdje se njegov mezar i danas može posjetiti. Nakon njegove smrti, učenici koje je obučio nastavili su njegov rad, šireći islam u Južnoj Africi. Njihova predanost bila je toliko velika da su se u džamijama i medresama gdje su djelovali prikupljale donacije za Hejaz željeznicu, a stotine Afrikanaca prijavilo se Osmanskom carstvu za borbu u ratovima u Tripoliju 1911. i na Balkanu 1912. godine.