U doba protestantske reformacije, Katolička crkva odgovorila je formiranjem Rimske inkvizicije 21. 7. 1542. godine, za vrijeme pape Pavla III. Ova inkvizicija imala je za cilj suzbijanje protestantskih učenja i unutrašnjih “zabluda” u Crkvi. Među njenim najpoznatijim slučajevima je suđenje Galileu Galileiju zbog njegovog zalaganja za heliocentrični sistem.

Inkvizicija predstavlja jedan od najmračnijih i najkontroverznijih fenomena u historiji Katoličke crkve i zapadnog svijeta. Iako je nastala s ciljem očuvanja vjerske ortodoksije, njeno provođenje kroz stoljeća ostavilo je duboke ožiljke – kako u stvarnom nasilju i progonima, tako i u kolektivnom pamćenju čovječanstva.

U 12. i 13. stoljeću Evropa je bila suočena s brojnim vjerskim pokretima koji su odbacivali službenu doktrinu Katoličke crkve. Među najpoznatijima su bili kateri (poznati i kao albigenezi) u južnoj Francuskoj. Njihova učenja, koja su uključivala dualistički pogled na svijet i odbacivanje crkvene hijerarhije, doživljena su kao prijetnja ne samo vjeri, već i društvenom poretku.

Zbog toga je osnovana prva Biskupska inkvizicija koju su 4. novembra 1184. godine ukazom ustanovili Papa Lucije III i car Friedrich I Barbarossa. Ovaj crkveni sud imao je zadatak da na području svake biskupije lokalni biskup odredi nekoliko (ovisi od potrebe i veličine biskupije) inkvizitora, tj. tragača za herezom ili krivovjerjem. To jest, da se traže, nađu i iskorijene oni koji naučavaju nauk suprotan od nauka Rimokatoličke crkve.

Svoje najcrnje razdoblje ova je inkvizicija pokazala tokom Albigeneškog križarskog rata ili križarskog rata protiv Katara u južnoj Francuskoj. Pod vodstvom nekoliko moćnih plemića sa sjevera Francuske, te blagoslovom Pape Inocenta III. skupila se velika križarska vojska od nekih 20 000 ljudi i krenuli su u pohod. Nakon nekoliko desetina hiljada mrtvih, pogubljenih od strane vitezova križara, te nekoliko stotina pogubljenih nakon osude Crkve, taj križarski rat protiv samih kršćana je proglašen uspješnim i moglo se dalje krenuti.

Papa Grgur IX je 1231. godine uspostavio Papinsku inkviziciju, specijalizirano crkveno tijelo zaduženo za pronalaženje, ispitivanje i kažnjavanje heretika. Ova institucija je dobila široke ovlasti, uključujući pravo na hapšenja, ispitivanja, mučenja i predaju osuđenih svjetovnim vlastima na izvršenje kazne – često smrću na lomači.

Najozloglašenija od svih bila je Španska inkvizicija, osnovana 1478. godine od strane kraljevskog para Ferdinanda II i Izabele I, uz papinsku dozvolu. Za razliku od papinske inkvizicije, ova je bila pod direktnom kontrolom države, a njen primarni cilj bio je suzbijanje lažnih konvertita – Jevreja i muslimana koji su se formalno preobratili na kršćanstvo, ali su navodno nastavili prakticirati svoju vjeru u tajnosti.

Prvi veliki inkvizitor bio je Tomás de Torquemada, čije je ime postalo sinonim za fanatičan progon, mučenja i smrtne kazne. Tokom narednih stoljeća, hiljade ljudi su procesuirane, mučene i spaljivane zbog navodnog odstupanja od katoličke vjere.

Inkvizicija je djelovala prema metodama koje su bile svojstvene samo njoj:

Inkvizicijski sudovi nisu funkcionirali po tadašnjim standardima pravde,

Anonimne prijave su bile dovoljne za pokretanje istrage,

Mučenje je bilo dozvoljeno radi “dobivanja priznanja”,

Optuženima često nije bio poznat ni njihov tužitelj ni konkretna optužba,

Imovina osuđenih “heretika” bila je zaplijenjena – što je predstavljalo dodatni motiv za zloupotrebe.

U doba protestantske reformacije, Katolička crkva je odgovorila formiranjem Rimske inkvizicije 1542. godine, za vrijeme pape Pavla III. Ova inkvizicija imala je za cilj suzbijanje protestantskih učenja i unutrašnjih “zabluda” u Crkvi. Među njenim najpoznatijim slučajevima je suđenje Galileu Galileiju zbog njegovog zalaganja za heliocentrični sistem.

Inkvizicija je formalno ukinuta u većini zemalja tokom 19. stoljeća, nakon Napoleonovih ratova. Posljednje pogubljenje pod njenom jurisdikcijom zabilježeno je 1826. godine u Španiji. Ipak, Rimska inkvizicija je nastavila postojati unutar Vatikana i preimenovana je u Kongregaciju za nauk vjere, koja i danas postoji kao crkveno tijelo zaduženo za tumačenje vjerskih istina – ali bez srednjovjekovnih metoda.

Danas se pojam „inkvizicija“ koristi kao metafora za svaku vrstu ideološkog progona, suđenja bez pravične procedure i zloupotrebe moći u ime viših ciljeva.