Najmasovnije iseljavanje desilo se nakon Aneksije 1908. godine, kada je Bosna i Hercegovina formalno uključena u sastav Monarhije. Za samu Aneksiju u Bosni se saznalo 6. oktobra 1908. godine. Tim činom nestala je i posljednja nada da će se Bosna ponovo vratiti pod tursku vlast.

Okupacijom Bosne i Hercegovine 1878. godine i njenim ulaskom u sastav Austro-Ugarske Monarhije, počelo je jedno od najtežih razdoblja u novijoj historiji Bošnjaka. U samo nekoliko decenija, Bosna je izgubila četvrtinu svog muslimanskog stanovništva, koje se u velikim talasima iseljavalo prema Turskoj.

Razlozi tog masovnog egzodusa nisu bili samo političke prirode, u njima su se isprepleli vjerski motivi, osjećaj poraza, strah od gubitka identiteta i duboko ukorijenjena ideja o životu pod islamskom vlašću kao garanciji opstanka.

Dolazak austrougarske vojske dočekan je s oružanim otporom. Bošnjaci su tri mjeseca pružali žestok otpor okupatoru, što jasno svjedoči o njihovom stavu prema „tuđinskoj, nemuslimanskoj vlasti“. Nakon četiri stoljeća života u okviru Osmanskog carstva, s vladarem s kojim su dijelili vjeru i kulturu, promjena vlasti doživljena je kao duhovni i društveni lom.

Nova uprava odmah je počela uvoditi reforme koje su bile u suprotnosti s dotadašnjim običajima i pravnim poretkom. Prvi udar dogodio se donošenjem vojnog zakona, kojim je uvedena obaveza služenja u austrougarskoj vojsci. Takav zakon bio je protivan odredbama Berlinskog kongresa, prema kojima je formalni suverenitet nad Bosnom i dalje pripadao sultanu.

Drugi izvor nezadovoljstva bio je agrarni zakon, kojim su najavljene izmjene u odnosima između zemljoposjednika (aga i begova) i kmetova. Oduzimanje zemljišnih posjeda duboko je pogodilo bošnjačko plemstvo i izazvalo niz napetosti. Neuspjeli ustanak 1882. godine samo je povećao nepovjerenje Bošnjaka prema novoj vlasti i mnoge uvjerio da u Bosni više nemaju budućnost.

U takvim okolnostima, iseljavanje u Tursku postalo je za mnoge jedini izlaz.

Prvi veliki val dogodio se između 1878. i 1883. godine, a zatim su uslijedili novi: 1888., 1891–1892., 1899., 1900–1901., te naročito 1909–1912. godine. Nakon donošenja vojnog zakona 1881. i gušenja ustanka, hiljade porodica napustile su Bosnu.

Turska vlada, svjesna položaja bosanskih muslimana, odlučila je pružiti pomoć muhadžirima, pa je 1882/83. godine izdvojila milion zlatnih lira kao podršku doseljenicima iz Bosne. Time je proces dobio i službenu institucionalnu dimenziju.

Treći veći talas uslijedio je kada je Austro-Ugarska odvojila bosanske muslimane od Carigrada i uspostavila samostalnu vjersku hijerarhiju. Taj čin mnogi su doživjeli kao konačan raskid s islamskim svijetom.

Najmasovnije iseljavanje desilo se nakon Aneksije 1908. godine, kada je Bosna i Hercegovina formalno uključena u sastav Monarhije. Za samu Aneksiju u Bosni se saznalo šestog oktobra 1908. godine. Tim činom nestala je i posljednja nada da će se Bosna ponovo vratiti pod tursku vlast.

Tačan broj iseljenih Bošnjaka nikada nije utvrđen. Austro-Ugarske vlasti su podatke prikrivale iz političkih razloga, želeći umanjiti razmjere nezadovoljstva.

Zvanični izvještaji spominju 137.000 iseljenih, ali procjene govore o 180.000 do 200.000, možda i više. Samo između 1882. i 1900. godine, prema izvještaju Imigracione komisije (Muhadžirin-i Islam), iz Bosne se iselilo 120.000 muslimana, gotovo četvrtina tadašnje bošnjačke populacije.

Carigradski povjerenik za smještaj izbjeglica bilježi da je u razdoblju 1900–1905. u Tursku stiglo 72.000 Bošnjaka, dok austrijski izvještaji govore o tek 13.750.

Među iseljenicima bilo je svih slojeva – od plemstva i imućnih trgovaca do sitnih zanatlija – ali najveći broj činili su oni koji su imali sredstva da u Turskoj kupe kuću ili zemlju i tako započnu novi život. Siromašniji slojevi uglavnom su ostajali, nastojeći se prilagoditi novim prilikama.

Na iseljavanje su utjecali i Beč i Istanbul, svaki iz svojih razloga.

Za Austro-Ugarsku, odlazak muslimana bio je politički i ekonomski koristan: oslobađala se zemljišta i istovremeno smanjivala broj stanovnika koji su bili neprijateljski nastrojeni prema vlasti. Istovremeno je u očima svijeta pokušavala minimizirati razmjere egzodusa, da bi izbjegla optužbe za represiju.

S druge strane, i Turska je u početku poticala doseljavanje Bošnjaka, želeći ih naseliti u pograničnim područjima radi „održavanja ravnoteže s hrišćanskim elementom“. Prema svjedočenju francuskog istraživača G. Graviera, čak je 200.000 ljudi podnijelo molbu za tursko državljanstvo. Međutim, nakon što su troškovi i socijalne posljedice postali preveliki, turske vlasti su promijenile stav i počele odvraćati Bošnjake od odlaska.

Unutar Bosne su se, uprkos cenzuri, javljali glasovi koji su pokušavali zaustaviti iseljavanje.

„Bosanskohercegovački glasnik“ je 1880-ih objavio članak pod naslovom „Ostajte ovdje“, pozivajući narod da ne napušta zemlju, već da se bori za opstanak:

“Ne srljajte ludo u tuđi svijet… pokušajte hraniti se na rodnoj grudi. Žrtvujte piće i duhan, neka imate samo suha hljeba. Bog je milostiv, pa će biti bolje.”

Veliku ulogu u intelektualnom otporu imao je reis Mehmed Teufik Azapagić, koji je u svojoj risali o hidžri (iseljavanju) objasnio da Bosna pod Austro-Ugarskom nije zemlja rata (dar al-harb) i da se iseljavanje ne može smatrati vjerskom obavezom.

Azapagić je upozoravao: “Hidžra Božijeg Poslanika bila je put snage i osvajanja, a današnja hidžra je put slabosti i gubitka. Prodavanje dragulja domovine da bi se kupio običan kamen i blato – to nije vjera, to je propast.”

Pored teološke argumentacije, Azapagić je bio i među osnivačima „Gajreta“ (1903.), društva koje je radilo na prosvjetnom okupljanju muslimana i jačanju njihove svijesti o potrebi ostanka u domovini.

Iseljavanje Bošnjaka između 1878. i 1914. godine ostavilo je duboke demografske, kulturne i emocionalne posljedice. Cijela sela i čitavi rodovi nestali su s bosanskog tla, dok su u Anadoliji i na Balkanu nikle brojne kolonije potomaka bosanskih muhadžira.