Od prve veće katastrofe 1488. godine do „Male apokalipse“ 1894, Fatihova džamija stoljećima je dijelila seizmičku sudbinu Istanbula. Smještena na jednom od najviših gradskih brežuljaka, ova monumentalna građevina nije bila samo vjersko središte nego i neposredni svjedok zemljotresa koji su iznova oblikovali urbanu sliku osmanske prijestolnice
Sagrađena ubrzo nakon osvajanja Istanbula, Fatihova džamija stoljećima je dijelila sudbinu grada na Bosforu. Smještena na jednom od najviših istanbulskih brežuljaka, ova grandiozna građevina nije bila samo vjersko i društveno središte, nego i neposredni svjedok tektonskih potresa koji su iznova oblikovali urbanu i arhitektonsku sliku nekadašnje osmanske prijestolnice.
Od prvih zabilježenih podrhtavanja tla krajem petnaestog stoljeća pa sve do kraja devetnaestog stoljeća, seizmička aktivnost neprestano je stavljala na kušnju nosive stubove, lukove i sam vrhunske domete osmanskog neimarstva. Rekonstrukcija njene historije kroz zapise savremenika, ljetopise i službene dokumente Osmanskog carstva otkriva neprekidnu borbu između rušilačke snage prirode i graditeljske upornosti da se sveto mjesto obnovi i sačuva za naredna pokoljenja.
Prvo veliko iskušenje za Fatihovu džamiju uslijedilo je samo četvrt stoljeća nakon njenog završetka. Potres koji je pogodio Istanbul 29. novembra 1488. godine uzdrmao je temelje kompleksa i doveo do djelomičnog urušavanja prve, originalne kupole. Bio je to jasan signal osmanskim neimarima da izuzetno složena statika monumentalnih kupola zahtijeva neprestana prilagođavanja i konstrukcijska ojačanja kako bi izdržala specifične seizmičke uslove istanbulskog tla.
Sredinom šesnaestog stoljeća, tačnije 10. maja 1556. godine, Istanbul je pogodio još jedan razoran zemljotres koji je historijski poluotok doslovno pretvorio u ruševine. Fatihova džamija tada je pretrpjela masivna oštećenja na zidinama, sporednim kupolama i polukupolskim elementima. Ipak, zahvaljujući brzoj reakciji carskih radionica i primjeni novih tehnika zidanja i ojačavanja kamenih blokova metalnim klamfama, objekat je vraćen u funkcionalno stanje, čime je nastavljena tradicija obnove koja je postala integralni dio opstanka ovog spomenika.
Novi val razaranja uslijedio je u noći 10. jula 1690. godine. Podrhtavanje tla koje je počelo u kasnim noćnim satima nastavilo se danima, izazivajući opću paniku među stanovništvom. Tokom ovih dugotrajnih potresa ponovo su nastradali pojedini dijelovi kupolnog sistema. Stručnjaci i neimari toga doba zabilježili su da su pukotine nastale duž glavnih nosivih lukova zahtijevale temeljito preprojektovanje unutrašnjih potpornih elemenata kako bi se spriječilo potpuno propadanje krovne konstrukcije.
Jedan od najtragičnijih trenutaka u historiji objekta dogodio se drugog septembra 1754. godine, kada je izuzetno snažan potres s epicentrom u Izmitskom zaljevu potresao čitavu regiju Marmarnog mora. Silina udara bila je tolika da se glavna kupola Fatihove džamije potpuno urušila, povukavši sa sobom i značajan dio pratećih struktura. Ovaj događaj primorao je osmanske vlasti na sveobuhvatnu rekonstrukciju tokom vladavine sultana Mustafe III, kada je kompleks dobio novi arhitektonski pečat, spajajući klasične osmanske elemente s novim konstruktivnim rješenjima u svrhu boljeg rasporeda mase i smanjenja rizika od budućih urušavanja.
Konačno, 10. jula 1894. godine, Istanbul je zadesio potres koji je u narodu i historiji ostao zapamćen pod nazivom “Mala apokalipsa”. Tlo se potresalo s takvim intenzitetom da su mnoge historijske građevine sravnjene sa zemljom. Fatihova džamija je u ovom katastrofalnom događaju pretrpjela duboke strukturalne pukotine na vanjskim zidovima, minaretima i centralnom svodu. Dokumenti iz tog perioda svjedoče o obimnim inženjerskim radovima koji su poduzeti kako bi se pukotine sanirale, a temelji dodatno učvrstili. Svako od ovih stradanja i potonjih obnova ugradilo je u Fatihovu džamiju slojeve graditeljskog iskustva, pretvorivši je u neuništivi simbol otpornosti i trajanja na raskršću civilizacija i prirodnih sila.
