Perišić je davao značajnu vojnu, logističku i kadrovsku podršku Vojsci Republike Srpske i Srpskoj vojsci Krajine, čime je doprinio granatiranju i snajperskim napadima na civile u Sarajevu (1993–1995), raketiranju Zagreba u maju 1995. te zločinu genocida u Srebrenici.

Momčilo Perišić, nekadašnji načelnik Generalštaba Vojske Jugoslavije, ostao je upisan u historiju Haškog tribunala kao prvi oficir Vojske Jugoslavije koji je uopće bio osuđen za ratne zločine u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini – ali i kao jedan od najkontroverznijih slučajeva, budući da je u žalbenom postupku oslobođen svih optužbi.

Nakon trogodišnjeg procesa u kojem je saslušano više od 100 svjedoka i uvršteno skoro 3.800 dokaznih predmeta, Pretresno vijeće je na današnji dan, 6. septembra 2011. godine, Perišića proglasilo krivim za pomaganje i podržavanje ratnih zločina.

Sud je utvrdio da je Perišić davao značajnu vojnu, logističku i kadrovsku podršku Vojsci Republike Srpske i Srpskoj vojsci Krajine, uključujući oficire iz 30. kadrovskog centra VJ, među kojima je bio i Ratko Mladić. Time je, prema presudi, doprinio granatiranju i snajperskim napadima na civile u Sarajevu (1993–1995), raketiranju Zagreba u maju 1995. te zločinima u Srebrenici, gdje je ubijeno više od osam hiljada Bošnjaka.

Perišiću je izrečena jedinstvena kazna od 27 godina zatvora. U presudi se navodilo i da je odgovoran jer nije spriječio niti kaznio svoje podređene oficire koji su učestvovali u zločinima.

Međutim, 28. februara 2013. Žalbeno vijeće je preinačilo presudu i oslobodilo Perišića. Sudije su zaključile da nije dokazano da je njegova pomoć VRS-u i SVK-u bila “specifično usmjerena” na izvršenje zločina, već da je mogla biti dio opće vojne podrške.

Tako je uveden pravni standard tzv. “specifično usmjerenje” – po kojem optužba mora dokazati da je podrška bila direktno namijenjena zločinima, a ne samo općim vojnim aktivnostima. Na toj osnovi Perišić je oslobođen svih optužbi i pušten na slobodu.

Presuda je izazvala burne reakcije: dok je za njegove pristalice bila dokaz da je samo “branio svoju zemlju”, za žrtve rata i brojne pravne stručnjake oslobađanje je predstavljalo poraz međunarodne pravde. Kritičari su upozoravali da je Tribunal ovom odlukom stvorio opasan presedan, jer je teško zamisliti veću i direktniju pomoć nego što je Jugoslavija pružala snagama koje su počinile genocid i masovne zločine.

Sam standard “specifične usmjerenosti” ubrzo je napušten u kasnijim predmetima, ali za Perišića je značio konačnu slobodu.

Ali nije se mogao dugo radovati. Još 14. marta 2002. godine Perišić je uhapšen u restoranu na Ibarskoj magistrali, na periferiji Beograda, pod sumnjom da je “odavao poverljive informacije američkom obaveštajcu Johnu Neighboru”, koji se tada pozvao na diplomatski imunitet. Na imunitet se pozvao i Perišić jer je tada bio potpredsjednik Vlade Srbije.

Proces protiv njega obnovljen je 2014. godine i nakon nekoliko godina suđenja Viši sud u Beogradu osudio ga je na tri godine zatvora zbog špijunaže.

Perišić je, kako se navodi u presudi, osuđen zbog odavanja tajnih podataka službeniku ambasade Sjedinjenih Američkih Država (SAD) u Beogradu, a zajedno s njim osuđeni su i Miodrag Sekulić i Vladan Vlajković na po godinu i po dana zatvora, a zbog krivičnog dela odavanje vojne tajne.