Historičari, konzervatori i arhitekti su je nakon tri godine rada predali džematlijama na upotrebu, a u isto vrijeme je stavljena pod zaštitu države. Kako stoji u jednom članku iz Preporoda, iz budžeta je na obnovu utrošeno tadašnjih 1.600.000 dinara, dok su mještani prikupili manji iznos novčanih sredstava, ali su se odazivali svakom pozivu na radnu akciju u toku izgradnje. Na dan otvaranja su priložili 50 ćilima i serdžada.
Džamija Turhan Emin-bega u Ustikolini, najstarija u Bosni i Hercegovini, prvi je put obnovljena 6. oktobra 1956. godine. Džamija je preživjela Prvi prvi svjetski rat i tek u Drugom svjetskom ratu bila je zapaljena i “jedva su žene koje su bile tu prisutne uspjele sačuvati nešto imovine prethodno nekako ugasivši vatru”. Pretpostavlja se da je i prije popravljana i obnavljana, no nakon što su je četnici tokom Drugog svjetskog rata spalili, prva prava obnova uz nadzor stručnjaka počela je tek 1953. godine, a završena tri godine poslije. Kako stoji u tadašnjim novinskim izvještajima, po završetku Drugog svjetskog rata mještani su bili spremni da sami izgrade džamiju, ali kako se radilo o historijski važnom objektu, Turhan Emin-begova džamija našla se na spisku prioriteta za rekonstrukciju kod Zavoda za zaštitu spomenika kulture i prirodnih rijetkosti u Sarajevu.
Historičari, konzervatori i arhitekti su je nakon tri godine rada predali džematlijama na upotrebu, a u isto vrijeme je stavljena pod zaštitu države. Kako stoji u jednom članku iz Preporoda, iz budžeta je na obnovu utrošeno tadašnjih 1.600.000 dinara, dok su mještani prikupili manji iznos novčanih sredstava, ali su se odazivali svakom pozivu na radnu akciju u toku izgradnje. Na dan otvaranja su priložili 50 ćilima i serdžada.
Kada je sredinom pedesetih godina prošlog stoljeća tadašnji Zemaljski zavod za zaštitu spomenika kulture konzervirao džamiju u Ustikolini, njezin historijat istražio je Mehmed Mujezinović i rezultate svog istraživanja objavio kao naučni rad. Prvi spomen Ustikoline, piše Mujezinović, nalazimo u Kronici Popa Dukljanina, gdje se kaže da je Časlav godine 895/896. na Cvilinskom Polju kod Ustikoline potukao Mađare. Godine 1399. u Ustikolini se nalazi jedna dubrovačka kolonija u kojoj je Micholo Juroenich imenovan posebnim konzulom, a 1413. godine u Ustikolini se spominje carinarnica. Tog vremena ona je u posjedu kneza Pavla Radinovića. Kasnije (1427) Ustikolina pripada Radoslavu Pavloviću, koju on drži još i 1441. godine. Tada ona ima i svoga kneza Đurđa.
Nije poznat tačan datum kada su Osmanlije osvojile Ustikolinu i okolna mjesta, ali je to bilo svakako uskoro poslije 1441, kada se posljednji put spominje u poznatim izvorima kao posjed porodice Pavlovića.
Mujezinović piše kako su podaci o Ustikolini u osmansko doba sasvim oskudni. Navodi da je skoro jedini podatak koji imamo od turskog putopisca Evlije Čelebije, koji je ovuda prošao 1664. godine.
Od svih objekata koje je Čelebija nabrojao u svom putopisu sačuvana je jedino džamija. Ni Mujezinović, kao ni drugi koji su istraživali njezin historijat, ne znaju tačan datum kada je džamija sagrađena kao što se sa sigurnošću ne zna ime onoga koji ju je podigao. “Nije nam se sačuvala njezina zakladnica, niti postoji ikakav pisani dokumenat o tome. Jedino postoji i narodna predaja koja kaže da je džamija na Ustikolini najstarija džamija u Bosni i Hercegovini i da ju je sagradio Turhan Emin-beg. Obzirom na to da su Turci vrlo rano zauzeli ove krajeve, u njima bi baš trebalo i tražiti najstarije građevine iz turskog doba. Prema tome, ta bi predaja mogla imati svoga osnova.”
Kada je u pitanju datum gradnje džamije, na osnovu oskudnih podataka, pretpostavlja se da je džamiju sagradio Turhan Emin-beg između 1463 i 1466. godine.
Kako se navode historičari, sultan Mehmed Fatih, krenuvši iz Ustikoline u dalje u osvajanje Bosne, u tom mjestu ostavio je Turhani Emina. Džamija koju on sagradi stajala je na kraju varošice i izgrađena je prvih godina po osmanskom zauzimanju Bosne. Zidana je pravougaono od kamena, da sa svake strane ima četiri prozora u arapskom stilu, da joj je munara visoka kao ona u Aladža-džamiji u Foči te da se s desne strane nalazi turbe u kojem je ukopan Kadri Alaj-beg Čengić.
Međutim, na osnovu istraživanja Mustafa Mujezinović zaključuje da ako je džamija u Ustikolini najstarija džamija u BiH, nije je mogao sagraditi Turhan-beg, jer je on umro 1561/62 godine. “Mislim da se narodna tradicija može izmiriti sa istorijskim činjenicama tako, da je neko ranije podigao ovu džamiju, pa je ime Turhanovo potisnulo u zaborav ime pravog osnivača džamije”, smatra Mujezinović.
I Hamdija Isović u svom članku, objavljenom u Preporodu 1970. godine, smatra kako Turhani Emin-beg nije osoba koja je podigla džamiju u Ustikolini.
Džamija u Ustikolini ponovo je srušena tokom Agresije na Bosnu i Hercegovinu. Obnovljena je sedmog jula 2007. godine, a na otvaranju Turhani Emin-begove džamije okupilo se tada nekoliko hiljada ljudi.
