S istočne strane javit će se ideje da su svi štokavci Srbi (Vuk Karadžić, 1836), a sa zapadne da ovi narodi pripadaju starim Ilirima (Ljudevit Gaj). Niti jedna od ove dvije ideje nije privukla Bošnjake, jer su bili izrazito zabrinuti za fizički opstanak na ovim prostorima.

Postepena modernizacija Osmanskog Carstva, što je prije svega podrazumijevalo pokušaj praćenja evropskih vrijednosti, proizvela je stagnaciju osmanskih kulturnih posebnosti, najprije u svakodnevnom životu, a potom i unutar književnosti. Slabljenje jednog tako velikog carstva, nesposobnost centralne vlasti da adekvatno odgovori na sve vanjskopolitičke nasrtaje, imalo je svoje reperkusije i na samu Bosnu kao graničnu regiju – najistureniji dio carstva na evropskom tlu. S druge strane, evropski su trendovi promijenjeni već krajem 18. i početkom 19. stoljeća, odnosno od Francuske revolucije, što je umnogome promijenilo i osmanski odnos prema upravljanju državom.

Za Bošnjake će prva decenija 19. stoljeća biti u znaku stravičnog genocida koji su počinili Karađorđe Petrović, vođa Prvog srpskog ustanka, i njegova vojska 6. maja 1809. godine kada su pobili više od 2.500 civilnog bošnjačkog stanovništva Sjenice, o čemu posebno svjedoči Antonije Protić, a o samom događaju će otvoreno pisati Vuk Karadžić.

Srbija nakon Drugog srpskog ustanka iz 1815. godine i poluautonomije, godine 1830. dobija i autonomiju, što će Bošnjake ponukati da se i sami izbore za neku vrstu autonomne pozicije unutar Osmanskog Carstva. Taj će pokret povesti Husein-kapetan Gradaščević, ali će odustajanjem pojedinih predstavnika ovaj projekt u konačnici propasti.

Početak 19. stoljeća na južnoslavenskom prostoru u znaku je buđenja nacionalnih identiteta i pregrupiranja po vjerskom ključu. Tako će se s istočne strane javiti jasne ideje da su svi štokavci Srbi (Vuk Karadžić, 1836), a sa zapadne da ovi narodi pripadaju starim Ilirima (Ljudevit Gaj). Niti jedna od ove dvije ideje nije privukla Bošnjake, jer su bili izrazito zabrinuti za fizički opstanak na ovim prostorima.

Polovinom stoljeća uspostavit će se dogovor o međunacionalnoj saradnji unutar kojeg Bošnjaci nisu bili zastupljeni. Iako je taj sporazum formalno-pravno na razini jezičkog dogovora – “Bečki književni dogovor” (1850) – njegovi rezultati postepeno će dovesti do toga da dva naroda potpisnika – Srbi i Hrvati – uspješno realiziraju svoje nacionalne strategije nauštrb bošnjačke egzistencije.

Ova dva naroda za temelj svojih jezika odlučuju uzeti jedan od dijalekata bosanskog jezika (istočnohercegovački), a pritom zanegirati postojanje samog bosanskog jezika i u tome do danas ostati ustrajni. Uz to, Omer-paša Latasovo (1806–1871) temeljito uklanjanje bošnjačke elite 1850/1851. godine, što pogubljenjima što zarobljavanjem i slanjem u Istanbul u lancima, učinit će Bošnjake sasvim obezglavljenima. Posebno se važnim čini sudbina Ali-paše Rizvanbegovića, koji će se pobuniti protiv novih carskih reformi te u Latasovom pohodu i sam izgubiti glavu.

U prvoj polovini 19. stoljeća nastaju tekstovi koji pripremaju srpsko, hrvatsko i crnogorsko stanovništvo za ostrašćen odnos prema Bošnjacima. Tu su najprije tekstovi Srbi svi i svuda Vuka Stefanovića Karadžića (1836), brojni prilozi u Danici ilirskoj (1835) te Načertanije Ilije Garašanina (1844). Dok Karadžić propagira ideju da su svi štokavci Srbi triju vjera, a Garašanin sasvim ciljano forsira preimenovanje bosanskog pravoslavnog stanovništva u etnički srpski korpus, Danica kazuje kako je ovo jedinstven ilirski prostor u kojem je islam strano tijelo. Garašaninov tekst ide dotle da sasvim precizno kazuje kako na prostoru Bosne žive Bošnjaci katolici, Bošnjaci pravoslavci i Bošnjaci muslimani, a da treba učiniti sve da se ovo pravoslavno stanovništvo opredijeli za srpski nacionalni predznak. S druge strane, nastaju književni uradci koji sada iz pozicije fikcionalnog teksta još dublje, na emotivnoj ravni, grade predodžbu o Bosni, Bošnjacima i islamu: Smrt Smail-age Čengića (1846) Ivana Mažuranića, Gorski vijenac (1847) Petra Petrovića Njegoša, dok će putopisna literatura Bosnu predstavljati kao egzotično mjesto u susjedstvu.