Među ubijenima našao se i tadašnji župnik Krešimir Barišić te trojica svećeničkih pripravnika. Uništena je i župna crkva, simbol duhovnog života lokalne zajednice.
Devetog i desetog augusta 1941. godine, svega nekoliko mjeseci od početka Prvog velikog ustanka protiv Nezavisne Države Hrvatske, nad hrvatskim stanovništvom tadašnje rimokatoličke župe Krnjeuša počinjen je jedan od najmonstruoznijih, ali i često prešućivanih zločina Drugog svjetskog rata na tlu Bosne i Hercegovine.
U selima koja su činila župu Krnjeuša, smještenu između Bosanskog Petrovca i Kulen Vakufa, srpski ustanici, pretežno pod komandom četničkog vođe Maneta Rokvića, izvršili su masovni napad. Uništena su čitava sela, spaljene su kuće, a među stradalima su bili žene, djeca i starci. Žrtve koje nisu uspjele pobjeći ubijene su, a njihova tijela bačena u kraške jame, poput jame Kaluđerica kod Skakavca, te u rijeku Unu.
Među ubijenima našao se i tadašnji župnik Krešimir Barišić te trojica svećeničkih pripravnika. Uništena je i župna crkva, simbol duhovnog života lokalne zajednice.
Prema podacima koje su prikupili istraživači Josip Jurjević i Ana Došen – čiji su članovi porodice također bili među žrtvama – u pogromu je ubijeno najmanje 240 osoba, uključujući 35 djece do 7 godina, 14 djece između 8 i 12 godina te 72 žene. Autori ističu kako stvarni broj može biti znatno veći, jer ova brojka ne uključuje žrtve iz okolnih sela, poput onih u Kulen Vakufu i Vrtoču, koji su, prema nekim svjedočenjima, čak i više stradali.
Nakon pogroma, Krnjeuša se više nikada nije oporavila. Tokom rata ubijeno je ukupno oko 1.000 njenih stanovnika. Preživjeli su protjerani, a povratak u selo nakon rata bio je onemogućen brojnim administrativnim preprekama. U novoj komunističkoj Jugoslaviji, Krnjeuša je bila stigmatizirana kao “ustaško selo”, a zločini počinjeni nad njenim stanovništvom nikada nisu službeno priznati, niti su odgovorni procesuirani.
Za mnoge hrvatske historičare ovaj događaj ostaje ključna tačka razotkrivanja kompleksne stvarnosti početka ustanka 1941. godine. Smatraju da je šutnja o Krnjeuši služila prikrivanju činjenice da su i tadašnji partizani – dominantno srpski – u nekim slučajevima učestvovali u zločinima nad Hrvatima, što je kompromitiralo ideologiju “bratstva i jedinstva”.
